1、体形不同：
马蝇中型至大型种，身体较大，最长可达13mm，为喜室外性居住区蝇种，呈灰色，身体颜色深浅不一，形似麻点，背上有三条黑纹，腹部有黑白相间的方格花纹。
皮蝇体型中等，体长约7mm，灰褐色，是我国城镇居住区最重要的蝇种，也是进入室内最主要的蝇种。
2、声音大小不同：
马蝇发出声音很大，就像少量的蜂群一起发出的声音一样；
皮蝇的声音只是一般的“嗡嗡”声，比起马蝇，皮蝇的声音就要小的多；
3、繁殖方式不同：
马蝇以胎生的方式繁殖，大部分种类的马蝇都在腐肉、粪便或者腐败的物质上产下蛆，少数种类会在哺乳动物的伤口上产蛆，还有一些种类会将蛆产在其他昆虫身上，成为这些昆虫的寄生虫。
皮蝇繁殖方式为卵生。皮蝇繁殖是需要交配受精的，皮蝇交配时间可达一两个小时，雄蝇一次交配射精后，雌蝇可以终生受孕。
为什么动物身上会有人皮蝇
主要是那些动物身太缺水，太脏了，人皮蝇。
主要是那些动物身上太脏了，可能有几个月没有洗澡那种，人皮蝇一般会寄生在牛的身上叫做牛皮蝇，偶尔也会寄生在人、马、驴、羊和野生动物的身上，由于皮蝇幼虫的寄生，会致使皮革质量降低，产乳量下降，患畜消瘦，幼畜发育不良等反应。为了防止患畜可以用敌百虫、滴滴涕、倍硫磷、皮蝇磷、蝇毒等药剂清除患畜体上的皮蝇幼虫。
皮牛虫是什么
皮牛虫，牛蝇又称牛皮蝇，体长约15毫米，粗壮多毛，形似蜜蜂。幼虫寄生在牛背部皮下组织内，引起慢性的寄生虫病；偶尔寄生于人、马、驴、羊和野生动物。由于皮蝇幼虫的寄生，致使皮革质量降低，产乳量下降，患畜消瘦，幼畜发育不良，造成经济上的损失。