浅部真菌病主要包括皮肤癣菌感染、马拉色菌感染和念珠菌感染。深部真菌病包括皮下组织真菌病和系统性真菌病。其中皮下组织真菌病常见的有着色芽生菌病、孢子丝菌病等；系统性真菌病指真菌侵犯内脏器官，如隐球菌性脑膜炎、念珠菌性肺炎等。
真菌是不是一种微生动物
真菌是一种微生物分类，和它平行的分类方法中还包括细菌和病毒，但，真菌又和它们有较大差异，各种蘑菇、菇类就是最典型的真菌，以寄生、腐生的方式生活，主要依靠宿主营养，比如蘑菇借助枯朽老木的营养繁殖，不和细菌一样，可以自制所需要的营养物质;也不像病毒，有自己完整的细胞器。
真菌有非常多的种类，绝大数对人体没有害处，甚至有益处，只有极少种类会引起疾病。根据侵犯位置的深浅，可以分为深部真菌病和浅部真菌病，前者有肺部曲霉菌感染等，后者包括皮肤癣或甲癣等。