金鱼在分类学上与鲫鱼同属一种，与鲫鱼相比，金鱼在外部形态上产生了巨大的变异，但总体上整个鱼体可分为头部、躯干、尾部三个部分。
头部的最前端是口，后部有鼻、眼和鳃盖。有些品种头部上端有肉瘤，有些品种鼻部上方有绒球，有些品种眼部凸出、位置朝上或有水泡，还有的品种鳃盖外漏形成翻鳃。
金鱼躯干体披鳞片，主要有正常鳞、透明鳞和珍珠鳞。其侧面具有侧线，不同品种金鱼的侧线上鳞、侧线下鳞和侧线鳞数目不尽相同。典型的金鱼躯干具有胸鳍、腹鳍、臀鳍、背鳍和尾鳍，个别品种无背鳍或臀鳍。金鱼尾部由尾柄和尾鳍构成，其尾鳍形状变化多端。
进入繁殖期的雄性金鱼在鳃盖边缘和胸鳍上会出现白色的追星，这是辨别金鱼性别最准确的时刻。辨别雌雄金鱼的另一个重要差别是泄殖孔，一般雄性的小而狭长，呈凹形；雌性的大而略圆，向外凸。
金鱼的叫声到底有多恐怖
鱼类的声音主要有磨擦声、鱼鳔振动声和游动时产生的流体动力声。
许多鱼在咬啮、从岩石上剥下食物、摇动鳍部或摩擦咽部凸起部分时，都发出锉磨声，其主要频率为100～4000赫。大部分鱼类都有特别的肌肉和鳔连接或长在一起。
这些肌肉振动时，引起鱼鳔振动而发声。栖息在中国沿海的石首科鱼类都会发声，其群体发声具有明显的季节性和昼夜节律。其中，以发声著称的大黄鱼，通常发出短促的敲击声（0.1秒），或连续发出5～10个短促的敲击声，听起来好像击；蟾鱼发出的叫声，基频为200～300赫，持续时间较长（0.5秒），
通常称为汽笛声。不同鱼类发出的声音，频谱和波形都不相同，可利用来判断发声的鱼类。蟾鱼和黄鱼的某些叫声和产卵有关，有些则是在求偶、攻击、防御或受惊时发出的。鱼类在游泳中，特别是骤然变速或变向时，也会发出频率很低的声波。